Cet avis porte sur la convention sur la diversité biologique de Rio du 5 juin 1992. Dans ce cadre, les Etats ont élaboré le protocole de Cartagena sur la prévention des risques biotechnologiques. Ce protocole s'applique aux mouvements transfrontaliers, au transit, à la manipulation et à l'utilisation de tout organisme vivant modifié qui pourrait avoir des effets défavorables sur la conservation et l'utilisation durable de la diversité biologique et comporter également des risques pour la santé humaine.
La Commission voulait conclure le protocole sur la base de l'article 133 concernant la politique commerciale commune et de l'article 174, paragraphe 4 (coopération avec des Etats tiers et des organisations internationales dans le domaine de l'environnement).

Le Conseil voulait conclure le protocole sur le base de l'article 175 (compétences communautaires en matière d'environnement).
La portée politique de cette divergence est la suivante. Si l'environnement dans les relations internationales devait être considérée comme un élément de la politique commerciale commune, la capacité des Etats membres de prendre des initiatives et d'aller éventuellement au-delà de ce que fait la Communauté serait fortement réduite. La Commission avait même présenté un nouveau concept suivant lequel la Communauté aurait une compétence prépondérante dans ce domaine et il ne resterait aux Etats qu'une compétence résiduelle. La Commission appuyait notamment son argumentation sur le développement éventuel d'une politique de l'environnement par l'OMC.

La Cour de Justice a rejeté le point de vue de la Commission. Elle a souligné que l'environnement dans les relations internationales ne peut pas être assimilé à la politique commerciale commune.

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